明らかに労働基準法の理解を誤っており、非常に危険です。
基本給はあくまで基本給であり、時間外手当ではありません。みなし残業代など、時間外手当を定額で支給するような場合には、その支給分は時間外手当を支給したとみなされますが、このケースでは基本給として支給している以上、時間外手当とはみなされません。

したがって、従業員から時間外手当を請求された場合には、会社は過去に遡って時間外手当を支払わなければなりません。しかも、基本給を高額にしてしまっているため、時間外手当も通常の場合よりも相当に高額になってしまいます。

いくら従業員が納得しているからといっても、このような労働基準法に違反した雇用契約を締結してしまうと、従業員との関係性が悪くなってしまった場合にこれまでの時間外手当を請求され、大きな損失を被る危険性があります。